Personajes principales
Pocoyó: Es el protagonista y quien da nombre a la serie. Es un niño de pocos años de edad (entre 2 y 4), con una curiosidad innata que está descubriendo el mundo. La principal característica es la felicidad con la que hace absolutamente todo. Viste ropa y sombrero azules. Ama jugar al aire libre y su enorme curiosidad lo llevará a vivir un sinfín de aventuras junto a sus amigos. Pocoyó estimula la creatividad y la imaginación de sus seguidores, ya que su máxima de vida es “aprender riendo”.
Pato: Es un pato y el mejor amigo de Pocoyó (en la versión anglosajona, su nombre se mantuvo en español) y lleva siempre un sombrero verde. Es un pato amarillo, tímido y cauteloso. No obstante y a pesar de todas las precauciones que toma para que las cosas salgan de determinada manera, nunca le resultan como él quisiera. Pato es, además, el que pone la nota discordante con el otro personaje, amigo de Pocoyó. Pato es un poco cascarrabias.
Elly: Es una elefante rosa, cuya personalidad afable contrasta con la de Pato. Es la más fuerte, y ayuda a sus compañeros cuando tienen que hacer algún esfuerzo demasiado grande. Es graciosa y juguetona. Elly tiene un corazón enorme y siempre responde las preguntas de los demás. A veces se comporta como una sabelotodo. Le gusta ir en patinete y bailar ballet.
Loula / Lula (Latinoamérica): Es una perrita y es la mascota de Pocoyó. Su papel se limita a ser eso, mascota. Ella siempre está lista para jugar, aunque los demás no quieran hacerlo en ese momento.
Pajaroto / Pájaro dormilón (Latinoamérica): Es un pájaro verde y gruñón. Se pasa todo el día durmiendo, menos cuando da vueltas alrededor de su despertador. Pese a ser tan dormilón, participa mucho en las aventuras de Pocoyó.
Personajes secundarios
Pajarito / Pájaro Bebé (Latinoamérica): Es un pájaro que nace de un huevo que cuida Pajaroto, aparece en varias ocasiones. Se caracteriza por ser más activo que Pajaroto, nunca duerme.
El narrador: Es el que ayuda en la serie de Pocoyó, incluso pregunta al mismo espectador para enseñar a Pocoyó.
Pulpo: Se llama Fred y es un pulpo rojo con 4 tentáculos. Aparece en varios episodios. Vive en el fondo del mar con Ballena. También es un Maestro de los Juegos Malabares (enseñó a Elly).
Ballena: Una silenciosa ballena que Pocoyó conoció bajo el mar. Aparece por primera vez en el episodio El cumpleaños de Ballena (1x35).
Valentina (Oruga en Hispanoamerica): Es una oruga de color amarillo con un lazo azul en la parte superior de su cabeza. Tiene la habilidad de transformarse en una mariposa cuando ella quiere. Tiene un hambre voraz y es muy amiga de Pajarito.
Mariposa: Una mariposa que juega a veces con Pocoyó.
Los Extraterrestres: Los simpáticos extraterrestres que Pocoyó conoció en el espacio cuando trataba de encontrar su avión perdido y al encontrarlo celebraron una fiesta.
Orquesta Pelota: Un grupo de pelotas musicales que tocan la trompeta, tambor y platillos.
Niños: son niños que están con el narrador y siempre responden a las preguntas del resto de los otros personajes y le dieron el nombre a Valentina.
Flor Musical: Una flor que aparece en el episodio Regadera Mágica (1x21). Baila con la música y se cae cuando tiene sed.
Bloques Musicales: Son bloques que se mueven con la radio o con cualquier cosa, atrapan a Pato y Pocoyó se divierte con la música hasta que rescata a Pato (esa música tiene rock and roll, jazz de los 60 y clásica, la ópera es La cabalgata de las valkirias).
La familia Alien: Aparece por primera vez en un capítulo en el que el hijo de la familia, el alien de color verde, se pierde y Pocoyó lo encuentra. Su familia aparecerá para llevárselo de vuelta a su planeta.
Nube: Una nube que aparece en el capítulo Una pequeña nube/La nube (1x13), les hace sombra a Pato y Pocoyó pero acaban siendo amigos.
Arañita (Araña bebé en Latinoamérica): Una pequeña araña azul que nació de un huevo que Pato cuidaba (en el episodio El Huevo (2x35). Cree que Pato es su padre. Le encanta jugar y se hace muy amigo de Pajarito y Valentina.
Las pelotas de ciudad: Sólo aparecen en el capítulo Poczilla (2x45). Al principio se asustan, pero terminan siendo amigos cuando Pocoyó y Pato reconstruyen su ciudad.